Au Japon, Airi et Chie, deux jeunes chats, sont les derniers ninjas du clan Neko. Ils se débrouillent grâce à leur intelligence et à l'aide de leur ami Sen, samouraï shiba. Lorsque ce dernier est accusé de meurtre, Chie tente de le disculper. Il se lance dans une quête au cours de laquelle il découvre un secret lié à son clan.