Dans la querelle christologique des Trois chapitres, c'est-à-dire la mise en cause de l'orthodoxie de trois évêques africains, Facundus présente la défense des accusés devant Justinien et plus particulièrement celle de Théodore de Mopsueste. Dans ce tome, il poursuit ses arguments et affirme que si Théodore n'a pas été condamné dans le passé, il ne peut l'être maintenant.