Au début du XXe siècle, sur une côte écossaise, des hommes chargent des caisses de whisky et des armes destinées à des rebelles irlandais. Parmi eux, le père de Corto Maltese qui, contraint de fuir, confie son fils à son meilleur ami, le capitaine Kee. En compagnie du fils de ce dernier, l'adolescent entame une série d'aventures en mer.