Kabané et ses compagnons prennent la direction de Kyoto afin de percer le mystère qui entoure Inari et de récupérer les Gemmes Kemono qui s'y trouvent. Ils croisent la route du Genji, une organisation gouvernementale luttant contre les Kemono. Menés par Raiden, les Kemono sont prêts à coopérer pour faire tomber Inari, leur ennemi commun.