Tandis que le compte à rebours de l'autodestruction de l'Edens Zero s'égrène, Homura et ses camarades sont confrontés à God Akunera et sa horde de dragons. Les Quatre étoiles brillantes affrontent les Etoiles noires. Shiki, de son côté, monte à bord de l'Edens One, où le général galactique démoniaque Lightning Low est tout proche de le vaincre.