Kyoto, 1863. Nio, un jeune garçon pétri de bonnes intentions, voit sa vie bouleversée lorsqu'il rencontre Toshizô Hijikata et Sôji Okita. Désormais motivé par la colère, il intègre un groupe de samouraïs connu sous le nom de Miburo. Il apprend à se battre et à se forger une personnalité tout en faisant face à une effrayante réalité.