Depois que se tornou uma agente "Tuned", Alita está a serviço de Zalem. A ciborgue tem que se despedir de sua vida antiga e partir em busca de novas missões. Em seu novo trabalho, Alita se reencontra com Koyomi, a garotinha que vivia no Bar Kansas, e quando a menina corre perigo, ela vai fazer de tudo para salvá-la. Quais perigos esperam a ciborgue nessa aventura.